اکوسیستم یا بوم سازگان شامل یک اجتماع بوم شناسی است که از اجزا زنده و غیر زنده ای تشکیل شده که بایکدیگر دریک محیط مشخص در تعامل هستند و از طریق چرخه های مواد مغزی و جریان انرژی با یکدیگر مرتبط هستند.
اکوسیستم های آب شیرین از موجودات زنده ( حیوانات ، گیاهان ، و دیگر ارگانیسم ها) و محیط زیست وابسته به آن تشکیل شده است. آب های سطحی با جریان آهسته مانند دریاچه ها ، مخازن طبیعی یا تالاب ها ، آب های سطحی با جریان سریع مانند رودخانه ها و نهرها و آب های زیرزمینی نمونه ای از این اکوسیستم ها هستند. آن ها بیشتر از اکوسیستمهای دریایی و خاکی از فعالیت های انسانی رنج می برند. بین سال های ۱۹۷۰ و ۲۰۰۰ جمعیت گونه های جاندار آب شیرین که در سیاره ما زندگی می کنند، به طور متوسط ۵۰٪ کاهش یافته است در حالی که این عدد ۳۰٪ برای دریا و خاک ارزیابی شده است.
نزدیک به ۷۰ در صد از سطح زمین با آب شور پوشیده شده است و اقیانوس ها بزرگ ترین و پایدارترین اکوسیستم ها می باشند. زنجیره های غذایی در اقیانوس ها شامل بزرگترین حیوانات کره زمین مانند نهنگ ها تا کوچکترین اتوتروف شناخته شده می باشد.